Почему в алтарь вносят только мальчиков?

В принципе и мальчиков туда не должны вносить, это лишь традиция. 

Шестой Вселенский собор определил: Никому из всех, принадлежащих к разряду мирян, да не будет позволено входить внутрь священного алтаря… (правило 69). Известный канонист еп. Никодим (Милаш) дает этому постановлению такой комментарий: «В виду таинственности приносимой в алтаре бескровной жертвы, воспрещено было, с древнейших времен церкви, входить в алтарь всякому, кто не принадлежал к клиру. «Алтарь предназначен только для священных лиц».